劇場版2は旧アニメの完結編として作られてたものなんで
無理に整合性とる必要も無いんじゃない？
クリアカード編はあくまで原作の続きと割り切らないと辻褄が合わなくなってしまう
旧アニメから逆輸入されている設定もいくつかありそうだけどね
（スピネルは甘い物好きとか小狼は女兄弟の末っ子等）