少女たちが願いを勝手に叶えると言うのが大規模に公になった以上、犯罪組織なり、どっかの宗教団体なりは悪用するのよ
仮にまともな国がきちんと制御したとしても、そういう悪的な国や組織が先皇やらモラルを選ばずに悪用したら対処しきれない

で、軍もそうだけど、強い力を制御するには、仕組みや思想があれば制御はできる
文民統一は軍の暴走を止める仕組みではあるけど、逆に言えばトップとかに軍のちからが直接なくても軍を制御できるとも言える

なら、魔法少女を洗脳や地位や金で心をコントロールし、逸脱するものが現れれば、魔法少女の集団で鎮圧や弾圧する仕組みにすればいい

極論、北朝鮮なんかは日本人からは信じられない独裁体制になってるし、日本の体制も欧米から見たら信じられないものになってるとかね
で、そういう仕組みを色んな集団や国がやり、一番うまく運用できた所が覇権を握る
アメリカの資本主義はまさにそんな形だよね
問題はあれど資本主義的には優れている