原作の石の森先生は「００９」をこうゆう形で完結させたかったんだと思う。

最終章で繭に包まれた００１以外のサイボーク達とギルモア博士は人類を殲滅しにやってきた大天使ミカエル率いる天使の軍勢を相手に絶望的な戦いを展開した後主人公達を筆頭に地球上の全人類は滅亡！
６億年後、繭に包まれた００１は復活するが、自分と同じ赤ん坊の姿をした天使（？）をその手で殺めてしまう・・・。