そもそも「銀河鉄道はどうやって運行されているの?」と考えてみるともう破綻するからな。
そこは考えない方が良い。

突っ込むだけ野暮というのを承知の上で考えてみると、
科学的技術的な点はもう考えるだけ無意味だからパスするとしても
たとえば、一年も乗っている999号の乗客はあんな座席でずっと過ごすのかとか。
布団の一つも用意されていないし、仮に用意されていたとしても
一年もあんな座席で寝ていたら身体がおかしくなる。

「上りの999号は絶対乗客を乗せない」という死に設定もあったよな。
理屈で考えてもあり得ないし、現実にも上り999号に乗客を乗せている。