リミットちゃんの体にオリジナルの生体部は残っていないでしょう。
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記憶（と感情、情操）がコンピューターに保存されている、という状態と思われます。
外部電磁波によって、その記憶回路も不調をきたすと。
彼女がサイボーグになってから、一年ほどたつと、そのままでは周りにはバレてしまうのです。
新しい機械の体を開発することも難しいようですし、リミットちゃんの生体を作り出すことなど不可能。
転校するという選択もありますが、それでは子供向けのアニメは成り立たない。
それを周りの人に知ってもらって、自分も納得し、周囲の人も納得し、その障壁を乗り越えていく、というのは本来のストーリーでしょう。