別に明治維新で終わる事は政治的問題とは関係なく普通に決まっていた話だと思うぞ。

原案になっている小学館の『少年少女日本の歴史』が全20巻（その後の改訂版は満州事変以降の昭和史を扱った20巻が平成改元などの加筆の上・分割されて21巻）で、箱館戦争の終結で第16巻が終わる。
この本は全巻にわたって1巻＝4章構成だから、16×4で64章。
一方、アニメの1年間＝4クールは52話
そこで歴史的に余り重要ではない話や宗教関係、フィクション的な要素が織り交ぜられている農民生活の話をカットして64章を全52話にしたてた。

ウィキペディアの情報を元にあてはめると
1巻→1〜2話（恐らく、第1〜3章が1話）
2巻→3〜6話
3巻→7〜9話（平城遷都を扱った第1章が省略？）
4巻→10〜12話（最澄・空海を扱った第2章が省略？）
5巻→13〜15話（藤原道長周辺を中心とする同じ時期を扱った第2〜3章が1話）
6巻→16〜19話
7巻→20〜22話（鎌倉新仏教の成立を扱った第3章が省略、ただし日蓮は第4章でも登場するので22話に登場）
8巻→23〜27話（なぜか、足利義満を扱った第4章が2話構成に）
9巻→28〜30話（足利義教周辺を中心とする同じ時期を扱った第1〜2章が1話、第2章の主役が柳生に住む架空の農民というのも関係？）
10巻→31〜34話
11巻→35〜40話（三大英雄ネタのせいか、第1章・第3章がそれぞれ2話構成に）
12巻→41〜43話（恐らく家康を扱った第1〜3章が2話構成に再編成？）
13巻→44話（1巻で1話構成、第1章の主役が一大名の池田光政、第2章の主役が北陸から大坂に丁稚奉公する農家の少年というのも関係？）
14巻→45-46話（第1〜2章が1話、第3章の浅間山噴火と上田騒動ネタがともに架空の農民が主役なため省略か？）
15巻→47話（1巻で1話構成、第1章部分が江戸っ子の一家の一年間を追いかけるネタであるため省略か？）
16巻→48話（恐らく禁門の変から戊辰戦争までを扱った第3〜4章が3話構成に再編成？）
って、感じだと思う。