うーん
丸っこい顔の犬種猫種は鼻孔が塞がってる個体が多くてまともに呼吸できないし高温低温で簡単に死ぬ
丸っこい金魚は背骨が癒着してて成長と共に浮いちゃい沈んじゃい死んでしまう個体が何割かいる
小型ウサギは丸くてかわいい見た目の為にアゴの構造が無茶苦茶で普通に餌を食べられない個体が相当数いる

そういう個体を人間の庇護のもとに愛でるのが愛玩動物の一つの方向性でしょ？
ショートの個体だって飼育者が色々気を使って手をかけて飼育してるんだと思います
ペットってそういう物だろうと思いますよ