塩化ビニルに毒性なんかないよ。水道管や水槽のオーバーフロー管にも使われてるんだぞ。
アクリルは塩ビに比べて透明度高く傷つきにくいからケージ作るのには向いてるのは確かだけど、今回のは自作木製ケージの底面の防水だろ？塩ビで充分だわ。