どの程度の防水が必要なのかわからん
汚れ防止程度ならホビー向けの水性防水材でいいし
本格的にやりたいならFRP水槽自作してる人を参考にすればいい
検索すれば防水加工してる説明がいっぱいでるよ。

水圧や耐水をあまり気にしないならウレタン防水。
面でなく合板で接合部だけ防水ってことなら
ウレタンシーリング材やコーキングで探せばいい。
ホムセンに売ってる