>>308
極めて似た症状を経験した事があります
私の場合は、Windows10のSSDと、Windows7のSSDで、BIOS(UEFI)でその都度起動したいドライブを
優先順位を上げるという方法を採りました、が！！
貴方と似たような症状が出ました。
Windows7で起動　→　Windows10 側に切り替えると起動しない → ScanDiscが実行される
Windows10で起動　→　Windows7 側に切り替えると起動しない → ScanDiscが実行される
原因はｻｯﾊﾟﾘわかりませんでしたので、BIOS(UEFI）がなにかしらの書き換えを行ってしまっているのだと推測しています
（本当のところはわかりません、推測です、ちなみにマザーボードはGigaByte のAWARD BIOSです）

それで、結局解決できなかったので、HDD電源切替器を導入して
使わない方のSSDの電源を切っておくという方法を採用しました。
これならバッチリです