そんで質問者はソフトでのクローンに失敗してるわけで
流れをつかんでも居ないなら口出し無用
こういう不良セクタがある壊れたOSをクローンするにはエラースキップ機能があるデュプリケーターを買ってくるしかないだろ
それでも壊れた個所にあったファイルによっては壊れたままのシステムのクローンが出来上がるだけ