私の理解では2部の扱いは
”総当たり戦試合を公式戦と見なし、全試合実施した場合入替戦を開催"
"トーナメント方式になった場合、入替戦は開催しない"
上記のどちらにも当てはまらない。

"各リーグの状況で、総当たり戦、トーナメント方式と別の試合方法で開催する場合もある"
これに当てはまる。

なので今のところは入替戦を開催できる状況にある、という事でしょう。