指定校推薦の選抜は学校によリますよ。大学側は事実上高校に選抜を一任してるわけですから。
学力を伴わない生徒を何年も送りこめば、推薦枠減らされますから、たいていの学校は学力を基準とした推薦決定を行いますよ。
上の子の学校は推薦の基準となったときの実力考査の順位と進学先の一覧が配布されますから、あまりにもおかしな推薦決定はできない感じでした。