正直に言うと、数学は、チャートよりも、フォーカスゴールド（啓林館）の方がいいと思う。
特に、コラムが充実していますよ。
悪いことは言わない。中3からやるなら、フォーカスゴールドで。(黒い表紙の分厚い本)

物理は、「重要問題集」（数研）がいいかな。（理系志望者）
ご指摘のように、理系で日本史Bは不要。文系や１ａ２ｂ受験者は数学３不要。
その分、受験科目の履修にあてるべきです。