おそらく…

先ず、当日の試験結果と内申書との総合判定で、
探求科と普通科との混成での順位を決める。
順位１位から順に探求科、普通科をそれぞれ第１志望とする合格者を決定していき、
探求科の定員が充足された後は
（探求科の定員の方が少ないので、普通科より
先に充足されるはず）、
混成順位の残りの上位者から順に普通科の合格者を決定していく

つまり試験と内申書の総合順位が
探求科と普通科の定員の合計より上であれば
確実に合格できる