水晶なら鉱物的に外側までヒビ続いてても大丈夫。
ヒマラヤ岩塩とかを溶かして浸しておいて流水で流すとか。
黄ばみには台所にある中性洗剤で洗うのが家庭にある道具では手っ取り早いと思う。
石の気持ちは知らないけどメンテナンスだからいいんじゃないかな。

>>101
おまけでついてくるのって販売してないような商品で大事にしたいですよね。
100均で置いてある物であればレジンは定番ですが…木枠の砂時計とかどうでしょうか？
中央の砂が落ちる部分をヤスリで割らないように優しく削ると切断できます、モース硬度でガラスは金属で傷つかないってのは軟鉄の話で
ヤスリがなく100均で買うのも微妙なら硬い石を拾ってくるか室内の工業用鋼の物で代用。
砂は捨てるかどうか任せてさざれの大きさに応じて間口を広く削っていく、中にいれてターボライターで断面を熱すと融点にまでいけるかは微妙ですが軟化温度までは確実に到達します。
間口が広すぎて熱して閉じるのが無理そうだったらカラーリングのいいビーズを乗せて接着剤で固定するかどうかはお任せで。
コルク栓ではないですが本来の目的のガラスに入れられて木製土台のいい感じのハンドメイドが出来そうです。

他にも色々と100均に置いてある商品で遊べそうですが一案として。