元ネカフェ店員です。
僕のとこは注意してみてる人が何人もいたのでよかったですが・・・系列店では、
１・ホットドリンクの粉（ココアや紅茶など）をこぼしても放置（客が見ないとこなら放置
２・ストローやミルク。ガムシロップなどが入ってる入れ物にジュースがこぼれている。（一番下は固まってました。ガムシロップが潰れて出てたりね・・・
３・ジュースの出口が真っ黒（ヘドロです
４・コーヒーの豆を補充するとこ（機械の上）も身長足りないからってことでこぼしても放置。
５・客がコップなどを返す返却口がベトベト

カビやゴキブリと言われるとどうなんだろ？ってなりますが、汚いとこは汚いです。
一度だけ系列店に緊急で行った時汚すぎて一人で大掃除・・・全部綺麗にして帰りました。

僕がやっていて一番怖いと思ったのは冷たいジュースが出てくる出口です。
4種類ぐらいのジュースボタンが縦に並んでいて、押すと同じ出口から出るじゃないですか？（わかるかな・・・？）
ジュースが飛び散らないようにしてあるキャップ（たぶん赤色）のようなものは洗うと思うけど・・・その中が問題です。
キャップを外してから下から覗かないとちょうど見えないんです。本当のジュースの出口の周りは真っ黒のヘドロになってます。
掃除してない場合、お客がジュースいれた時にそのヘドロがコップの中に入ってきます。
さすがにそこまで客は見えないですが・・・出口周りを一度見ておくのは手です。そしてジュースをだしたコップも見て何もなければ安心でしょう。機械の下の隙間などは手が入らないので掃除出来てない部分もあります。

僕が漫画喫茶に行った場合は
１・シュガーとガムシロップをよく使うので入れ物が綺麗か確認。
２・ジュースいれたら一応ヘドロないか見る。
３・コーヒーの機械の上が綺麗か見る。

ぶっちゃけ自分で気になるとこ確認したほうがいい。