>>620です
自己解決したので報告させていただきます

MyDNS.jpのページを見てHTTP(s)-DIRECTの場合は
IPv4、IPv6共に明示的に指定出来ると記載があったので
/usr/bin/wget -O - "https://www.mydns.jp/directip.html?MID=ユーザー名&PWD=パスワード&IPV4ADDR=IPv4のアドレス"
で無事更新することが出来ました
お騒がせ致しました