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失礼しました。

/etc/samba/smb.conf
writable = yes
dos charset = CP932
unix charset = EUCJP-MS
display charset = EUCJP-MS

ftpはProFTPD Version 1.3.0を使っており特別な設定はしていません。

sambaから書き込んだ漢字フォルダー＆ファイル名はsambaでは正しく表示されます。

ftpで書き込んだ漢字ファイル名がsambaで文字化けして（その逆も）しまいます。