デフォルトでは、セキュリティーに問題あるということですが、
俺は、自宅サーバーでxoopsを使いＨＰを立ち上げたくこれを使いました。
rootのパス変更
apacheのhttp.congの変更、.httaccsesの追加
FTPのパス変更
これ位の変更で運用してましってる。
あとやっておくべきあったら、アドバイスよろしく。