nictと同期できない奴はIPv6で同期しようとしてるんだろ。
10月くらいからIPv6のアドレスも付与されてるが、今のところアクセスできない模様。

"server -4 ntp.nict.jp minpoll 6 maxpoll 8" として IPv4 を強制すれ。
(というか以前からnictはこの設定を推奨してたが)