俺も同じPCにWin2kとRedhat（7～9）を入れてみたが
体感速度的にwin2kの方が早い気がする。
もっともLinuxサーバはXを入れて使うものでも無いと思うが。

とにもかくにもLinuxはアプリの起動もWindowsと比べたら遅い気がする。
しかし、現在「Linuxであること」がサーバの絶対的条件になっている気もする。