Win2000やXPのProでNTFSにすれば、細かすぎるくらいのパーミッションが
設定できる（FAT32じゃダメ）
マイコンピュータからローカルディスク右クリックで見てみるといい

それよか、赤帽で鯖作るなら無理せずRPMにしておけ
少なくとも無難な場所にインスコしてくれる
なんでもかんでも先人のアドバイスに従えばいいってもんじゃない

ま、ソースからコンパイルさせたい香具師の気持ちも分からんではないがw