目的によるでしょ。
筋肉をつけて太りにくくなりたいとか見栄えをよくしたいとかならマシンで十分だろうし、
実際に役に立つ筋肉作りが目的ならフリーの方がいいでしょ。
「実際に役に立つ」という点はいろいろ考え方があると思うけど。