NERV本部発令所内
　この日、学校を終えてシンジは第四使徒戦後初のシンクロテストをおこなっていた。
「あらシンジ君、今回またシンクロ率をあげたわね。」
「ありがとうございます。」
　そんなほのぼのとした光景が繰り広げられていた。
　だがそんな光景も突如発令所内に鳴り響いた警報により打ち破られてしまう。

「急に何！？まさか使徒？」
　ミサトが言うとマコトが報告を始めた。
「海上自衛隊より入電、先ほど15:40に海自の対潜哨戒機が伊豆半島沖にて海底に謎の移動物体を捕捉！！
　パターン青は現在未検出！」
　するといつの間にか発令所に着いていたユイがミサトに言った。
「おそらくゴジラね・・・」
「それでM計画は？」
「現在全工程の82パーセントを終えたけどまだ出撃は一週間後まで無理ね。」

　発令所にゲンドウたちが入ってきた。
「直ちにアンタレス隊を向かわせろ。赤木博士、初号機は？」
　ゲンドウが指示を出しながらリツコに聞いた。
「現在先の使徒戦での損傷を修復中、ですが腹部の修復は終了しているため出撃はできます。」

「聞いた？シンジ君。あなたは初号機で待機してて！」