ありがとうございます！
税理士さんにはなんでもかんでも素直に聞いてはいけないとアドバイスしていただきました。

経費はかかるものはかかるのだからしっかり意思表示しないとダメだと
納得したら修正申告すればいいし
納得できなかったら戦いなさいと

しかし最近の方は払って済むのならそれですまそうと、早く終わらせたい方が多いとのことでした。
修正申告書類の作成は無料でやってくださるそうなので今後も顧問税理士としてお願いしようと思っています。
皆さまに色々教えていただいて本当に助かりました！
ありがとうございますm(_ _)m