付け足すと更正処分の場合は税務署がその適法性を立証するので処分に間違いが起きにくい。
上にもあるような更正させたら指摘していた事がなかった事になっていたと言うのは更正の過程で税務署側で指摘の間違いに気付いたり立証が出来ない等の理由で取り下げるから。
修正申告の場合指摘が間違っている可能性や事実認定の証拠の精査は行われないから間違いが起きやすい。