でも調査官が修正申告を勧めなければそんな問題起きないんじゃない？
後々不服申し立てされると困る、調査官が楽をしたいと言う理由で勧めてるだけだし。

帳簿を確認しました、分からない部分については質問に対する回答で補完しました、これで納税者の仕事は終わりです。
それを元に調査結果が出たので、
是認の書類をお送りします。
若しくは、
更正する必要があるので調査結果の説明を書面で送ります。後々更正通知書も届きます。

これなら納税者の負担は実地調査の日に必要な帳簿見せて、必要なら質問に答えて終わり。後は結果待ちで済む。
調査結果に不服があれば不服申し立てをする、
それでも解決しなければ訴訟になる。
本当はこれが正しい手順だし、税務調査ってもの凄く単純なものなんだよ。
実際にアメリカなんかではそう言う感じで手続きが進められる。
仮に納税者が質問に嘘で答えても、それが嘘だと立証できない限り納税者の言う事を事実として受け入れなければならないし、
そもそも嘘か本当かなんて考える必要もない。
嘘を付いている前提で証拠を集める捜査とは根本的に違う。
国勢調査だって嘘か本当かわからないけど、書いてある事が事実である事を前提にしている。
それが調査と言うもの。

でも実際は、税金をたくさん取りたい、そのために事実認定に調査官の恣意を盛り込みたい、
恣意と真の事実に齟齬があったとしても恣意を優先したい、
そのために恣意を盛り込めるような関節的な証拠が欲しい、
そのために必要のない質問や本来必要のない無駄な資料集めがしたい。
と言う、全て国税都合の無駄な時間に付き合わされているだけ。

国税が自分達の都合で納税者の負担を増やして、その負担軽減の餌（修正申告）をぶら下げてメンタルケアと言えるかどうか…