その程度なら修正申告してもいいと思いますが、その際は単なるミスである事、過少申告加算税である事を確約してからですね（要録音）。
後になって（修正申告した後で）重加算税（脱税）扱いされる場合もあるので。
一応聞いておきますが質問の時に「わざとやりました」的な事は話してないですよね？そう言う言質を取る事にかけては上手な連中なので質問は聞くだけ、返事はその場でしない、返事は表面的な事だけ答える事をお勧めしたのですが…
質問応答記録書にはそう言う文言が潜ませてあるため基本的に作成に応じない、応じるとしてもよく考えて自分に有利な応答記録書を作成して提出するなどの対応が必要となります。

またこの場合でも修正申告しないと言う対応は有効です。書面での自白等の証拠がない限りは重加算税をかけてくる事はまず無いので。
過少申告加算税である事の確約が取れない限りは修正申告はしない方がいいと思います。

修正申告後に重加算税を請求されたと言うトラブルもありますので修正申告は慎重にしなければいけません。
そう言う状況で重加算税になるとまた税務調査される確率が格段に上がります。
逆にその程度の事で更正させられるとなると…
交渉事が苦手な場合は修正申告はせず更正させるのが簡単で間違いない選択かと思われます。