Deja Dubは判らないけどTimeshiftならフォルダーやファイルを選んで復元できるよ
Ubuntu系の殆どのデストリの標準バックアップアプリだから知らなくはないと思うからお薦めってワケじゃないけど
逆になにかTimeshiftじゃ駄目なんでDejaDub使ってるんだろうし