Q1
あるパッケージを自分でソースからコンパイルしてインストールした場合と、
OSの公式リポジトリからインストールした場合で、
インストールされるディレクトリの構造やconfファイルの内容が違っているのはどうしてですか？

Q2
パッケージのビルド方法によってQ1で挙げたような差異が発生する場合、
RedHat系のディストリビューションでOSの公式リポジトリにあるRPMがどうやってビルドされたか知る方法はありますか？