urlencodeされているファイル名を一括変換する良いソフトが見当たりませんでした
しかしそもそも何でurlencodeされているのかな?と疑問に思いまして
sitを解凍したunarを調べていましたら
どうやらこいつが自動でコーディング形式を誤判定しているような気がしましたので
コーディング形式を指定することにしました
$ unar -e Shift_JIS *
で無事日本語のファイル名も化けることなく開くことができました
有難うございました

もう一つ相談です
実は取り出したのは一太郎 for Macの文書ファイルなのですが
これを開いて中身を見る方法はありますかね?
Windowsを経由する方法でも良いのですが