exFATはACLに対応していないので、平たく言うとファイルやディレクトリのパーミッション設定とかできない
(将来的に対応の余地は残してあるらしいが…対応したらしたで実装コストや実行コストの軽快さは失われるだろう)
故に、近代的なOSのシステムを格納するファイルシステムとして機能的に足りない

カーネルがexFATに対応していないせいではなく、
LinuxやU*IXをインストールするファイルシステムとしてふさわしくない(機能が足りない)のでインストールできない

現にNT(Windows)もexFATにはインストールできない