Dockerコンテナ内部のパッケージを新しくする方法がないわけじゃないけど、
Dockerfile書いて修正して、ビルドし直すのが正しい運用方法かな。
複数人に配布したり、開発環境と稼働環境でソフト・ミドルウェアの差を無くすことがDockerの目的。