漏れなんか勝手に、/etc/apt/sources.list を変更して、
/etc/apt/sources.list.d/ ディレクトリを作って、その中に自作ファイルを追加してる

/etc/ 以下は、各アプリの設定ファイルだろ。
リポジトリからパクッてくるとか、アプリの説明書を読んで、自作でもすれば？

設定ファイルが無くても、デフォルトの動きをするだけだろ。
死ぬことはない