>>635 は >>630 なの？
古いショートカット（あるいはアイコン）の実態である
gnome-calculator.desktopの中のExecの欄がどうなっているか確認したら、
その疑問は氷解すると思うのだけど。
なお、18.04の場合は、
$ grep Exec /var/lib/snapd/desktop/applications/gnome-calculator_gnome-calculator.desktop
Exec=env BAMF_DESKTOP_FILE_HINT=/var/lib/snapd/desktop/applications/gnome-calculator_gnome-calculator.desktop /snap/bin/gnome-calculator %U
というように、/snap/bin/gnome-calculatorが実行されるようになっている。

アップグレードで古いまま維持されているdesktopファイルでは、
/user/bin/gnome-calculatorとか、18.04では存在しないパスが書かれていると思うよ。