> でも、手作業による設定と違って、
> 柔軟な設定はできなさそう。

手作業ってなんだ？ どうせコマンドうつだけだろ

> Dockerならフォワードチェインから、
Dockerコンテナ = アプリ

お前、アプリの中に、ファイアウォールの設定入れるのか？
Dockerコンテナは仮想マシンじゃないって言ってるだろ