Docker for WindowsはHyper-Vを利用し
Docker ToolboxはVirtualBoxを利用する

さらに、最近ではWindows Subsystem for LinuxでVMなしで動かせるようになったようだ
WSLのcgroupsやiptablesなどのサポートが改善された事による成果だ

https://github.com/Microsoft/WSL/issues/2291#issuecomment-438388987