思いつきだけどDDってブロックデバイス毎のバックアップだよね
パイのSDってブート用のFATフォーマットのパーティションと
システム用のEXT4フォーマットのパーティションが別デバイスと
して扱われて最初のFAT部分しかバックアップしていないとか

一応「Win32DiskImager」なら丸っと一括だけどバックアップ/
リストアで使えているよ