>>58
・numlock offにすると、動くようになりました
・Ctrl+SpaceでATOKのON/OFFが出来ました
・ローマ字入力とOFFの直接入力時のみ動きます
・ちょっとあやふやな動きもありました
・かな入力はNGです

$ wime -e atok -v3 --ch all ~/atok2016_6.txt

$ GTK_IM_MODULE=wime WIME_DEBUG=3,all mousepad
の結果です

https://ensha.red/archive/470a48cb-c600-4ab5-ad68-b088eda2d0ee
ダウンロードパスワード : wime
・atok2016_6.txt

wineの側のキーボード定義とかでしょうか?
後は、かな入力がOKならば……というところです