使ったこと無いから詳しくは無いが
https://github.com/Chinachu/Mirakurun/blob/master/doc/Platforms.md
ここみた感じだと
/usr/local/db/mirakurun/
を適当にNFS mountしてるとこなりUSB HDDなりにリンクはりゃいいんじゃねぇのか？

設定なんてなくてもどうとでもなるだろ