一つのアプリを、あちこちにばらまくって
仕組みが駄目だった。

一つのアプリを一つのディレクトリに入れるようにすれば
/binとか/sbinとか/usr/binとか/usr/sbinとか迷うことなく、
/programs以下とかに全部入れられた。