＞Windowsはアプリごとにディレクトリが別れていて
＞そのアプリ（の一部）のショートカットが
スタートメニューに現れているだけ

linuxもそんな感じになってるだろ
binディレクトリに置いてあるのはアプリの一部のリンクだけ
それもシンボリックリンクなら
消すときもアプリのディレクトリをそのまま消せは良いだけになる