たぶん君の欲求はkernel一つで事足りると思うけれど。

ただmoduleとして組み込めない部分の話なら組み込めない数だけのkernelが必要だろうけれど、
もちろん単一のsourceからbuildできるし、そもそもその場合boot loaderに並べたってしょうが
ない。