デフォのリポジトリ以外にリポジトリ指定してパッケージインストールすることってありますか？
また、ソースから手動でインストールすることはありますか？
どっかのスレで、「勝手にいろんなパッケージ入れて管理不可能になってるサーバーを見かける」
みたいな書き込みがあったんで、気になりました。

oracleはメディアからインストールしますが
httpd(ａｐａｃｈｅ)やtomcatなどはリポジトリから持ってきてます。

まだ経験は浅いですが、サーバー用途であれば標準のリポジトリで困ったことがないので気になりました。