VyattaでもAtomでもなく、DebianとGigabyteのH78マザーにUSB-DVDからインストールしたときのことですが
BIOSの起動オプションで UEFIなDVDではなくLegacyなDVDを優先するようにしないと
HDDから起動できませんでした。UEFIなDVDから起動するとDebianはUEFIを使って起動するように
インストールされてしまうらしいです。
ご参考までに。