ありがとう。そうなんですね。
パッチ作って当てる、ということなのでffmpegのオプションスイッチでは
解決できないし、パッチ自体も現状存在しないという事と理解しました。

ついでと言ってはナンですが、PT2でのTSファイルの中には、PIDの解析(?)
すら終わらない (ffmpeg -i hoge.ts がハングする)のが結構あります。
HDTVtoMPEG2 とかで無変換ででも一旦通すとffmpegでも通るようになるのですが、
これもどうしようもない物なのでしょうか。 もし、ffmpegでは直接的には
処理できないとした時、Linux Nativeで動くts修正フィルターみたいなのって
ありませんか。（自動化したいのでCLIで動くのが希望）