ffmpegには音声のチャンネルレベルでのマッピングみたいなものは無いですよね？
左チャンネルの音と右チャンネルの音を入れ替えてみたりとか
左チャンネルの音を左右両方のチャンネルから出るようにしたりとか
左チャンネルの音を左右両方のチャンネルから出るようにしたりとか。