-sameqがそのままコピーってのがまず間違い

「そのままコピー」ってのは、当たり前だが
コピー先のコンテナフォーマットに音声や動画がそのまま入れられる（互換性がある）
ときだけに使える手段だ
つまりMPEGに入れたいのなら、MPEGに入れられる動画・音声形式じゃなきゃいけない

そうじゃなきゃ、再エンコードして形式変換するしかない
そして再エンコードするなら、劣化は必ず発生するんだよ、ロスレスでない限りはね