そういうプロセッサ時間を大量に消費する糞重い仕事は、
本気でdistributed job queueみたいなのでやるのがいいんじゃないのかな
要はちゃんとキューイング＋分散化汁ってことな

それに比べればffmpeg叩くかlibavformat/libavcodec直接叩くかは些事です